La AEC es de ámbito nacional y agrupa a un gran número de investigadores y profesionales de distintas ciencias (geógrafos, físicos, meteorólogos, geólogos, etc.).
Sus órganos de Gobierno son dos:
Asamblea General. Es el órgano supremo de la Asociación, constituida por todos los miembros de honor, numerarios y representantes de los miembros corporativos. Se convoca al menos una vez al año.
Junta Directiva. Es el órgano ejecutivo y de representación permanente de la Asociación. Formada por un Presidente, un Secretario, un Tesorero y cuatro Vocales. Se reúne al menos una vez al año.
Mª José Estrela Navarro, Presidenta de la AEC
En la Asamblea Extraordinaria celebrada durante el 8º Congreso de la AEC, en septiembre de 2012, se procedió a la renovación de cargos de la Junta Directiva, que quedó constituida de la siguiente manera:
Presidenta: Mª José Estrela Navarro. Dpto. de Geografía. Universidad de Valencia. Correo electrónico: majoesna@uv.es
Secretario: Pablo Lucas Mayer Suárez. Dpto. de Geografía. Universidad de Las Palmas de Gran Canaria. (Gran Canaria). Correo electrónico: pablo.mayer@ulpgc.es
Tesorero: Miguel Ángel Saz. Dpto. de Geografía y Ordenación del Territorio. Universidad de Zaragoza. Correo electrónico: masaz@unizar.es
Vocales: Yolanda Luna Rico,Jefa del Departamento de Desarrollo y Aplicaciones de la Agencia Estatal de Meteorología (AEMET), Madrid; Susana Pacheco Ibars. Universidad de Cantabria; Jorge Olcina Cantos, Director del Laboratorio de Climatología de la Universidad de Alicante; Domingo F. Rasilla Álvarez. Departamento de Geografía, Urbanismo y Ordenación del Territorio. Universidad de Cantabria.